Jurusan Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (PMIPA) muncul setelah pengintegrasian Fakultas Keguruan dan Fakultas Ilmu Pendidikan Universitas Palangka Raya menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Palangka Raya pada tahun 1983. Pada waktu pengintegrasiannya, Jurusan PMIPA dan Jurusan Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial belum diakui keberadaannya oleh Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi. Oleh karena itu Program Studi yang berada di bawah Jurusan Pendidikan MIPA bertanggung jawab langsung kepada Dekan FKIP UPR. Program Studi Pendidikan Matematika merupakan program studi pertama yang berada di bawah Jurusan Pendidikan MIPA. Program Studi ini dibuka pada tahun 1974 untuk jenjang Sarjana Muda dengan nama Jurusan Ilmu Pasti. Pada tahun 1979, sebagaimana program-program studi lainnya di lingkungan FKIP UPR, program studi Pendidikan Matematika mulai membuka Jenjang S1 dan Diploma.

Sejalan dengan mendesaknya kebutuhan guru kelompok mata pelajaran Ilmu Pengetahuan Alam (IPA) di Propinsi Kalimantan Tengah, pada tahun 1984 diadakan program kerjasama antara Universitas Palangka Raya dengan IKIP Malang untuk membuka Kelas Jauh IKIP Malang di Universitas Palangka Raya. Dengan program kerjasama tersebut, pada tahun 1985 dibuka Kelas Jauh IKIP Malang di Universitas Palangka Raya dengan 3 (tiga) Program Studi, yaitu Program Studi Pendidikan Fisika, Program Studi Pendidikan Biologi, dan Program Studi Pendidikan Kimia untuk Jenjang Diploma Tiga (D3).

Selama penyelenggaraan program kelas jauh ini setiap semester secara bergantian dosen-dosen dari Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FPMIPA) IKIP Malang datang memberi kuliah di FKIP Universitas Palangka Raya. Ijazah para lulusannva dikeluarkan oleh FPMIPA IKIP Malang. Program Kelas Jauh ini terakhir pada tahun 1989, tetapi sampai dengan tahun akademik 1995/1996 dosen dari FPMIPA IKIP Malang masih membantu mengajar dalam waktu-waktu tertentu. Dengan keluarnya Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Nomor: 35/DDTI/KEP/1989 tanggal 27 Maret 1989 tentang terbentuknya Program Studi Pendidikan Fisika, Program Studi Pendidikan Biologi, dan Program Studi Pendidikan Kimia, maka ketiga Program Studi tersebut secara resmi sudah masuk FKIP Universitas Palangka Raya. Kemudian pada tahun akademik 1990/1991 pertama kali Program Studi Pendidikan Fisika, Program Studi Pendidikan Biologi, dan Program Studi Pendidikan Kimia membuka Jenjang Strata Satu (S1) yang kini telah menghasilkan ratusan lulusan.